بر اساس توافق صورت گرفته بین معاونت‌های تحقیقات و آموزشی وزارت بهداشت با هدف حمایت از رویکرد مسئله محور بودن در تعریف و اجرای پایان نامه‌های دانشجویان، از پایان نامه‌هایی که طی این فرایندها براساس سفارش سازمان‌ها و نهادهای کارفرما انجام شده‌اند و حداقل ۵۰ درصد از منابع مورد نیاز آن‌ها از این طریق تامین شود، تا تکمیل سقف مورد نیاز تامین خواهند شد و جلب مشارکت مالی سازمان‌های همکار در این حوزه، امتیازی مثبت در ارزشیابی دانشگاه ها خواهد بود.

پیش از این توافق،  آیین نامه حمایت از پایان نامه‌های دانشجویان علوم پزشکی به شیوه جدید به دانشگاه‌ها ابلاغ شده است.

همچنین فعالیت‌های جایگزین مشخص شده برای ارائه پایان نامه به شرح زیر می‌باشد:

۱. انجام کارآموزی / کارورزی داوطلبانه و مازاد بر کوریکولوم آموزشی مصوب و برنامه ریزی شده در یک حیطه خاص علمی / مهارتی و یا فعالیت‌های اجتماعی مرتبط به سلامت به مدت حداقل ۶ ماه

۲. کارآموزی / کارورزی داوطلبانه و مازاد بر کوریکولوم آموزشی مصوب و برنامه ریزی شده در یک محل مطب، درمانگاه و مراکز بهداشتی - درمانی به مدت حداقل ۶ ماه

۳. کارآموزی/ کارورزی در سازمان‌های مردم نهاد (NGO)، خیریه‌های سلامت و انجمن‌های علمی به مدت حداقل ۶ ماه (به عنوان مثال فعالیت در انجمن صرع، دیابت و …)

۴. تدوین دفترچه و یا کتاب‌های آموزشی و کاربردی ویژه مخاطبین خاص و یا عموم مردم به شکلی که جذابیت، نوآوری خاص داشته و مبتنی بر شواعد علمی تهیه شده باشند

۵. تدوین پورتفولیو الکترونیک و یا تدوین راهنماهای بالینی ساده در سطح دکتری عمومی در قالب سامانه‌ای و یا کاغذی

۶. شرکت در دوره پودمانی تعریف شده حضوری و یا مجازی روش‌مند پژوهش‌های بالینی، آموزش پزشکی، یا موضوعات مشابه و مرتبط به رشته

۷. حضور و ارائه خدمت داوطلبانه به مدت حداقل ۶ ماه در مراکز ارائه خدمت به سالمندان و یا بیماران صعب العلاج و یا درمانگاه‌های پزشکی و دندانپزشکی

۸. همکاری در اجرای پایان نامه‌های دوره‌های دکتری تخصصی با تعریف وظیفه و مستند کردن فعالیت به شکلی که دقیقاً سهم و جایگاه کاری دانشجویان عمومی و دکتری تخصصی و مسئولیت و حقوق معنوی ایشان روشن باشد

۹. فعالیت مؤثر در شرکت دانش بنیان و یا کارخانه‌ها و کارگاه‌های مرتبط حداقل به مدت ۶ ماه همراه با کارنامه عملکردی قابل قبول و بیش از حد یک مشاهده گر