سید جمال الدین از پنج سالگی فراگیری دانش را نزد پدر آغاز، و با قرآن و کتاب های فارسی و قواعد عربی آشنا گردید. به خاطر استعداد و نبوغی که داشت، به زودی با تفسیر قرآن آشنا و برای ادامه تحصیل به شهرستان قزوین و سپس به تهران عزیمت کرد. در سال ۱۲۲۸شمسی، عازم نجف، و از محضر دو مرجع تقلید بزرگ، یعنی شیخ مرتضی انصاری در فقه و اصول و ملاحسین قلی درجزینی همدانی در اخلاق و عرفان بهره های علمی و معنوی فراوان برد.

در سال ۱۲۳۲ شمسی، بنا به دستور شیخ انصاری، عازم هندوستان شد. در آن جا ضمن آشنایی با علوم جدید، کوشش کرد تا مردم و به ویژه مسلمانان را علیه استعمار انگلیس بسیج کند و به مبارزه وا دارد، اما به دلیل سلطه همه جانبه انگلیسی ها پس از یک سال و نیم اقامت در آن دیار، مجبور به ترک آن جا شد. به ممالک عثمانی رفت و چون با حسادت علمای درباری آن جا مواجه شد، ناگزیر به مصر عزیمت کرد.

در مصر توانست یک نهضت فکری ضد استعمار و ضد انگلیس را پایه گذاری کند. تشکیلاتی مخفی به وجود آورد، اما بر اثر فشار انگلستان مجبور به ترک مصر شد. این حرکت فکری توسط شاگردانش از جمله شیخ محمد عبده دنبال شد. در سال های بعد زمینه ساز قیام مردم مصر علیه استعمار انگلستان گردید.

سید جمال پس از ترک مصر، مدتی در هندوستان ماند و آن گاه روانه اروپا شد. در پاریس با همکاری محمد عبده دست به انتشار روزنامه ی «عروة الوثقی» زد و به پاسخگویی به «ارنست رنان» که مقالاتی علیه اسلام در یکی از روزنامه های پاریس می نوشت، پرداخت.

سید به دعوت ناصر الدین شاه به ایران آمد. گمان می کرد که می تواند با نزدیکی به شاه اندیشه های اصلاح طلبانه خود را به اجرا بگذارد، اما چون ماهیت و طبع شاهانه با هیچ اصلاحی موافق نبود و سید نیز آشکارا شاه را عامل بدبختی های مردم ایران معرفی می کرد، از ایران اخراج شد. سید جمال وقتی برای دومین بار به ایران آمد، به آستان حضرت عبدالعظیم الحسنی(ع) در شهر ری تبعید شد. در آن جا به رغم کنترل مأموران مبادرت به تشکیل جلسات مختلف کرد. مردم را به قیام علیه بیدادگری های شاه تشویق می کرد. شاه نیز که وجود او را در ایران به زیان خود می دید، دستور داد مجدداً او را در حالی که به شدت بیمار بود، از ایران اخراج کنند.

سید جمال پس از اخراج از ایران وارد بصره، و در آن جا با همکاری یکی از مجتهدین و رهبران قیام مردمی (سید علی اکبر شیرازی) نامه ای به آیت الله العظمی سید حسن شیرازی می نویسد. در این نامه ظلم های فراوان شاه به مردم ایران را متذکر می شود.

برخی معتقدند که این نامه در صدور فتوای مشهور تحریم تنباکو از جانب آیت الله شیرازی و قیام حاصله از آن، تأثیر به سزایی داشته است.

حضور سید در طی سال های ۱۲۷۱ - ۱۲۷۰، در عراق تأثیر به سزایی بر حیات فکری، سیاسی و اسلامی شهرهای شیعه نشین و گسترش تبلیغ و دعوت در جامعه ی اسلامی گذاشت.

 او برای علما و محافل فرهنگی سایر شهرهای بزرگ عراق، به ویژه نجف و کربلا، شخصیتی شناخته شده بود. همه او را به عنوان رهبر حرکت «تجدید در اسلام» می شناختند. شناخت را از طریق روزنامه ی «عروة الوثقی» و مجله «قانون» که در لندن به زبان فارسی منتشر می شد و سید نیز در نشر آن سهیم بود، کسب کرده بودند.

شهید مطهری در کتاب بررسی نهضت های اسلامی در صد ساله اخیر می گوید: «بدون تردید سلسله جنبان نهضت های اصلاحی صد ساله ی اخیر، سید جمال الدین اسد آبادی معروف به افغانی است.

 او بود که بیدارسازی را در کشورهای اسلامی آغاز کرد، دردهای اجتماعی مسلمین را با واقع بینی خاصی بازگو نمود، راه اصلاح و چاره جویی را نشان داد. نهضت سید جمال، هم فکری بود و هم اجتماعی.

 او می خواست رستاخیزی هم در اندیشه مسلمانان به وجود آورد و هم در نظامات زندگی آن ها. سید جمال در نتیجه تحرک و پویایی، هم زمان و جهان خود را شناخت و هم به دردهای کشورهای اسلامی - که داعیه علاج آن ها را داشت، دقیقاً آشنا شد.

سید جمال مهم ترین و مزمن ترین درد جامعه ی اسلامی را استبداد داخلی و استعمار خارجی تشخیص داد و با این دو به شدت مبارزه کرد. آخر کار هم جان خود را در همین راه از دست داد.

 او برای مبارزه با این دو عامل فلج کننده، آگاهی سیاسی و شرکت فعالانه مسلمانان را در سیاست واجب و لازم شمرد و برای تحصیل مجدد عظمت از دست رفته مسلمانان   مهم ترین دردهای جامعه ی اسلامی را این موارد تشخیص داد:

۱- استبداد حکام.

۲- جهالت و بی خبری توده مسلمانان و عقب ماندن از کاروان علم و تمدن.

۳- نفوذ عقاید خرافی در اندیشه مسلمانان و دور افتادن آن ها از اسلام نخستین.

۴- جدایی و تفرقه میان مسلمانان به عناوین مذهبی و غیر مذهبی.

۵- نفوذ استعمار غربی.

سید چاره این دردها را در امور زیر می دانست:

۱- مبارزه با خودکامگی مستبدان.

۲- مجهز شدن به علوم و فنون جدید.

۳- بازگشت به اسلام نخستین و دور ریختن خرافه ها و پیرایه هایی که به اسلام بسته شده است.

۴- ایمان و اعتماد به مکتب.

۵- مبارزه با استعمار خارجی.

۶- اتحاد اسلامی.

۷- دمیدن روح پرخاشگری و مبارزه و جهاد به کالبد نیمه جان جامعه اسلامی.

۸- مبارزه با خود باختگی در برابر غرب.

 آخرین نامه

سید جمال که در باب عالی در آنکارا زندانی بود، آخرین نامه خود را در سه شنبه ۵ شوال ۱۳۱۴، به یکی از دوستان ایرانی خود می‌نویسد. ناامید از نجات و حیات، کشته شدن خویش را انتظار می‌کشد. واپسین کلام سید چنان نغز و صریح است که نیاز به تحلیل ندارد.

«دوست عزیز! من در موقعی این نامه را می‌نویسم که در محبس محبوس و از ملاقات دوستان خود محرومم. نه انتظار نجات دارم و نه امید حیات، نه از گرفتاری متألم و نه از کشته شدن متوحش. خوشم بر این حبس و خوشم بر این کشته شدن.

 کشته می‌شوم برای زندگی قوم. ولی افسوس می‌خورم از این که کِشته‌های خود را ندرویدم. به آرزویی که داشتم ،کاملاً نایل نگردیدم. شمشیر شقاوت نگذاشت بیداری ملل مشرق را ببینم.

دست جهالت فرصت نداد صدای آزادی را از حلقوم امم مشرق بشنوم. ای کاش من تمام تخم افکار خود را در مزرعه مستعد افکار ملت کاشته بودم.

باری، من از دوست گرامی خود، خواهشمندم این آخرین نامه را به نظر دوستان عزیز و هم مسلک‌های ایرانی من برسانید و زبانی به آن ها بگویید: شما که میوه رسیده ایران هستید و برای بیداری ایرانی دامن همت به کمر زده اید، از حبس و قتال نترسید. از جهالت ایرانی خسته نشوید. از حرکات مذبوحانه سلاطین متوحش نگردید. با نهایت سرعت بکوشید .با کمال چالاکی کوشش کنید. طبیعت با شما یار است و خالق طبیعت، مددکار.

سیل تجدد، به سرعت به طرف مشرق جاری است. بنیاد حکومت مطلقه منعدم شدنی است. شماها تا می توانید در خرابی اساس حکومت مطلقه بکوشید، نه به قلع و قمع اشخاص.

شما تا قوه دارید ،در نسخ عاداتی که میانه سعادت و ایرانی سد سدید گردیده، کوشش نمایید. نه از نیستی صاحبان عادات. هر گاه بخواهید اشخاص را مانع شوید، وقت شما تلف می گردد. اگر بخواهید به صاحب عادت سعی کنید، باز آن عادت، دیگران را بر خود جلب می کند. سعی کنید موانعی را که میانه الفت شما و سایر ملل واقع شده ،رفع نمایید. گول عوام فریبان را نخورید.»

سید در اواخر عمر در ترکیه زندگی، و غیر مستقیم تحت نظر سلطان عبدالحمید، امپراتور عثمانی قرار داشت. وقتی خبر قتل ناصرالدین شاه توسط میرزا رضا کرمانی به اسلامبول رسید، به دستور امپراتور عثمانی، از بیش تر ایرانیان درباره ارتباط سید جمال و میرزا رضا تحقیق به عمل آمد. سرانجام پلیس عثمانی طی گزارشی نوشت: «سید جمال الدین ایرانی است . میرزا رضا به تحریک او مرتکب قتل شاه شده است.»

 سلطان عثمانی از سید جمال در هراس افتاد. دستور قتل او را داد . سرانجام در ۱۹ اسفند ۱۲۷۵ برابر با ۹مارس ۱۸۹۷، او را مسموم ساختند. جنازه او را در قبرستان مشایخ اسلامبول به خاک فرستادند.