انتخاب نمونه‌های متفاوت: هنگامی که نمونه‌های گروه شاهد و آزمایش انتخاب می‌شوند اگر تفاوت عمده داشته باشند نمی‌توان این تفاوت را ناشی از تاثیر متغیر مستقل بر وابسته دانست. بنابراین نتایج بدست آمده ممکن است ناشی از ویژگی‌های نمونه باشد.

تلفات یا افت نمونه: گاهی اوقات در مطالعات طولانی مدت و تکراری تلفات نمونه خواهیم داشت. این امر باعث کاهش اعتبار داخلی می‌شود.

انتشار: گاهی ممکن است گروه شاهد از کار گروه آزمایش آگاهی پیدا کند و مشابه گروه آزمایش رفتار کند که مداخله ایجاد میکند.

عامل رگرسیون یا عامل گرایش به سمت میانگین: درصورتی که نمونه‌ها از بالاترین و پایین ترین نمرات آزمون باشند، در آزمون مجدد نمرات آنها به میانگین نزدیک‌تر است. بنابراین اعتبار داخلی تحقیق را کاهش می‌دهد. برای کنترل آن باید نمونه ها را به صورت تصادفی انتخاب کرد.

تعامل عوامل مختلف: گاهی‌ اوقات چند عامل با یکدیگر تعامل و باعث می‌شوند اثر یکدیگر را تقویت کنند.