حجت‌الاسلام والمسلمین یعقوبی در مراسم ارتحال امام خمینی(ره)، انقلاب ایشان را انقلابی انسان‌ساز و مبتنی بر معنویت دانست و تأکید کرد که امام، الگویی نو از مدیریت تلفیقی علم و اخلاق به جهان معرفی کرد. وی افزود: علمِ بی‌اخلاق، منشأ فساد و ظلم است و تنها با پیوند علم و معنویت می‌توان به پیشرفت حقیقی رسید. امام جمعه نیشابور ضمن آرزوی سلامتی برای رهبر معظم انقلاب، توجه ایشان به نخبه‌پروری را افتخاری برای کشور خواند و در پایان، ضمن تسلیت شهادت امام محمد باقر(ع)، بر حمایت قاطع از مدیریت دانشگاه علوم پزشکی نیشابور تأکید کرد.